在過去的數(shù)年間,二代測序( NGS )在幾乎所有的遺傳研究和診斷領(lǐng)域都發(fā)展為了一個強大的工具。而任何 NGS 實驗成功的關(guān)鍵是初始 RNA 和 DNA 樣本以及它們所生成的文庫的質(zhì)量控制(QC)。
二代測序(NGS)的建庫流程是很長很復(fù)雜的,建庫的每一步都建立在前一步的基礎(chǔ)上,因而質(zhì)量控制(QC)顯得尤為重要。無論您的初始樣本類型是什么,在整個實驗流程中,確保靶標的完整性、大小和集中程度是構(gòu)建高質(zhì)量文庫,進而獲得準確、可重復(fù)的結(jié)果的關(guān)鍵。為了幫助您更好地確定實驗流程,安捷倫匯總了各類初始樣本的各種建庫流程。
理想的 NGS 質(zhì) 控步驟應(yīng)易于操作、經(jīng)濟,并且對于濃度非常低的樣品也能提供快速且無爭議的結(jié)果。本質(zhì)控方法是運用瓊脂糖電泳法來判斷樣本的大小與完整性,該方 法成本低,但有種種局限性,具體就不在此贅述。確保樣品“滿足目標用途”的另一種方法是應(yīng)用自動化的電泳分離,并進行熒光檢測和自動數(shù)據(jù)分析。
測序過程中的關(guān)鍵 QC 步驟
Fragmentation
片段化是將樣本剪切成更小的片段的過程??梢酝ㄟ^酶切或超聲的方法來實現(xiàn)。QC 是這里的一個重要步驟,以確保片段化的條件是合適的。
Ligate adaptors
接頭是已知的寡核苷酸序列,用于連接到未知的目標測序片段,提供測序引物結(jié)合區(qū)和樣本識別碼。接頭連接后的 QC 可以確保接頭成功連接到 DNA。
Size selection
片段篩選的目的是去掉多余的引物和接頭序列,獲得需要的目標序列。QC 在這一步是至關(guān)重要的,可以確保后留下的是目標大小和足夠濃度的文庫。
Normalize/pool
在文庫制備結(jié)束時,必須對樣本進行量化,以確定要加載到測序儀上的文庫量。如果需要多個文庫混合上機測序,QC 可以幫助提供稀釋指導(dǎo),確保加載到測序儀上的文庫是均勻的,有利于提高數(shù)據(jù)的均一性。
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